徐州铁路运输检察院内设机构设置为检察综合管理部、刑事检察部、环境资源检察部、诉讼监督检察部、检察综合业务部。各部门职能如下： 

　　一、检察综合管理部

　　主要负责检察综合事务管理和政治工作等。 

　　二、刑事检察部 

　　主要负责办理涉铁路刑事案件,对徐州铁路公安处侦办的刑事犯罪案件履行侦查监督、公诉等职能。 

　　三、环境资源检察部 

　　主要负责办理环境资源类刑事案件，对徐州市基层公安机关侦办的环境资源刑事犯罪案件履行侦查监督、公诉等职能。 

　　四、诉讼监督部

　　履行民事审判监督、行政诉讼监督、刑事执行监督、公益诉讼等职能。 

　　五、检察综合业务部 

　　主要负责案件监督管理、控告申诉检察、检委会日常事务处理等工作。